Có một số loại sâu bệnh ảnh hưởng đến sản xuất khoai tây ở Algeria. Giun tròn khoai tây là sâu phân bố rộng nhất ở Algeria cùng với một số giống sâu bệnh khác có nguồn gốc từ châu Âu và Nam Mỹ.[6] Các loại potyviruses như Virus hại lá khoai tây, Potato virus A, Potato virus S, Potato virus X và Potato virus Y đều có mặt ở Algeria mặc dù Y là loại phổ biến nhất cho đến nay.[7] Cỏ dại có thể là một vấn đề và thuốc diệt cỏ thường được áp dụng để diệt chúng, mặc dù một số loài cỏ dại đã trở nên kháng thuốc.[3]:23

Phthorimaea operculella (sâu bướm củ khoai tây) và rầy cũng gây ra nhiều vấn đề. Các trang trại khoai tây lớn thường xịt thuốc trừ sâu 2-3 lần mỗi mùa để bảo vệ khỏi những loài gây hại này, các trang trại nhỏ hơn không đủ khả năng để làm điều này.[3]:23 Kể từ những năm 2010, bệnh bạc lá sớm do nấm Alternaria protenta gây ra đã được báo cáo, đặc biệt là ở phía tây bắc của đất nước, nơi nó đã lây nhiễm 80% cây trồng vào năm 2016.[8] Các loại nấm Phytophthora, Rhizoctonia và đôi khi, Fusarium cũng gây ra các vấn đề và ở các vùng trồng khoai ven biển, nông dân thường xử lý bằng thuốc diệt nấm 7-8 ngày một lần.[3]:23 Vi khuẩn Pectobacterium carotovorum gây bệnh thối mềm do vi khuẩn ở Tây Algeria và các bệnh do vi khuẩn khác được biết là bệnh xì mủ và bệnh Ralstonia.[9]